Для цитирования:
Балыкова А. Н., Носов Н. Ю., Никифоров К. А., Ерошенко Г. А. Дифференциация штаммов Yersinia pestis основного подвида средневекового биовара методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учётом результатов в режиме реального времени и SNP типирования // Известия Саратовского университета. Новая серия. Серия: Химия. Биология. Экология. 2018. Т. 18, вып. 3. С. 306-311. DOI: 10.18500/1816-9775-2018-18-3-306-311
Дифференциация штаммов Yersinia pestis основного подвида средневекового биовара методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учётом результатов в режиме реального времени и SNP типирования
Разработаны способы дифференциации и идентификации штаммов Yersinia pestis средневекового биовара методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учётом результатов в режиме реального времени и методом SNP типирования. В работе использован 91 штамм Y. pestis средневекового биовара из очагов России и других стран СНГ, полученных из Государственной коллекции патогенных бактерий при ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб». Штаммы средневекового биовара представлены четырьмя уже известными филогенетическими линиями: 2.MED0, 2.MED1, 2.MED2, 2.MED3. В результате проведения филогенетического анализа нами обнаружена новая филогенетическая линия, получившая название 2.MED4. Найдены 3 SNPs, маркерные для данной линии и расположенные в белок-кодирующих областях генома, с помощью которых можно установить принадлежность штаммов средневекового биовара Y. pestis к ветви 2.MED4. Для проведения идентификации и дифференциации штаммов средневекового биовара методом мультиплексной ПЦР-РВ с гибридизационно-флуоресцентным учётом результатов выбраны 4 ДНК мишени: Med24, pCKF, 2.MED1, 2.MED3. В ходе исследования показана 100% специфичность данных мишеней. Комплексное использование разработанных способов ПЦР-РВ и SNP типирования обеспечивает успешную дифференциацию штаммов средневекового биовара по филогеографической принадлежности.
1. Попова А. Ю., Кутырев В. В., Балахонов С. В., Ежлова Е. Б., Демина Ю. В. Координация мероприятий противочумных учреждений Роспотребнадзора по оздоровлению Горно-Алтайского высокогорного природного очага чумы в 2016 г. // Проблемы особо опасных инфекций. 2016. Вып. 4. С. 5–10.
2. Оглодин Е. Г., Одиноков Г. Н., Никифоров К. А., Куклева Л. М., Ерошенко Г. А. Определение геновариантов штаммов Yersinia pestis основного подвида методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов // Проблемы особо опасных инфекций. 2014. Вып. 4. С. 52–55.
3. Одиноков Г. Н. Генетический анализ биохимических особенностей штаммов Yersinia pestis основного и неосновных подвидов : автореф. … дис. канд. биол. наук. Саратов. 2010. 22 с.
4. Носов Н. Ю. Филогенетический анализ и дифференциация штаммов Yersinia pestis средневекового биовара : автореф. … дис. канд. биол. наук. Саратов, 2017. 22 с.
5. Achtman M., Morelli G., Zhu P., Wirth T., Dieh Il., Kusecek B., Vogler A. J., Wagner D. M., Allender C. J. W., Easterday R., Chenal-Francisque V., Worsham P., Thomson N. R., Parkhill J., Lindler L. E., Carnie El., Keim P. Microevolution and history of the plague bacillus, Yersinia pestis // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2004. № 101. P. 17837–17842.
6. Morelli G., Song Y., Mazzoni C. J., Eppinger M., Roumagnac P., Wagner D. M., Feldkamp M., Kusecek B., Vogler A. J., Li Y., Cui Y., Thomson N. R., Jombart T., Leblois R., Lichtner P., Rahalison L., Petersen J. M., Balloux F., Keim P., Wirth T., Ravel J., Yang R., Carniel E., Achtman M. Yersinia pestis genome sequencing identifi es patterns of global phylogenetic diversity // Nature Genetics. 2010. Vol. 42. P. 1140–1143.
7. Cui Y., Yu C., Yan Y., Li D., Li Y., Jombart T., Weinert L. A., Wang Z., Guo Z., Xu L., Zhang Y., Zheng H., Qin N., Xiao X., Wu M., Wang X., Zhou D., Qi Z., Du Z., Wu H., Yang X., Cao H., Wang H., Wang J., Yao S., Rakin A., Li Y., Falush D., Balloux F., Achtman M., Song Y., Wang J., Yang R. Historical variation in mutational rate in an epidemic pathogen Yersinia pestis // PNAS. 2013. Vol. 110. № 2. P. 577–582.